El índice Nature Index proporciona una clasificación de instituciones basándose en su participación e impacto en las ciencias naturales. Para hacerlo, reúne 68 revistas de impacto en la rama de las ciencias naturales. Estas publicaciones representan menos del 1% de las revistas que cubren las ciencias naturales en la Web of Science, mientras que son fuente de cerca del 30% del total de las citas usadas en estos campos.
La EPN obtuvo el puesto número uno en el Ecuador en el ranking de Nature Index gracias al grado superior de participación en artículos de alto impacto en las ciencias naturales.
En la tabla del ranking que antecede se han otorgado tres puntajes distintos alado de cada institución: AC, FC y WFC.
Nature Index no solo mide el número total de los artículos por institución (puntaje “AC”), sino que realiza un recuento fraccional que toma en cuenta la proporción de autores de cada institución en relación al número de instituciones afiliadas por artículo (puntaje “FC”). Las clasificaciones finales se basan en el conteo fraccional ponderado (puntaje “WFC”), que es una variación del FC para balancear una sobre representación de revistas de astronomía y astrofísica en el Índice. De esta manera, el WFC determina la clasificación final en base de la calidad y diversidad de las contribuciones de cada institución.