A través de proyectos y de la mantención de la colección de la Sección de Paleontología (la más importante del Ecuador), se producen constantemente publicaciones científicas y aportes al Museo de Historia Natural.
El Laboratorio de Paleontología está ubicado en el primer piso del edificio nuevo del Museo de Historia Natural Gustavo Orcés, en el lado oriental del Teatro Politécnico.
El Museo de Historia Natural “Gustavo Orcés V.” cuenta con la más importante colección de fósiles del Ecuador, en la cual se encuentran depositados fósiles colectados por Alexander von Humboldt, Teodoro Wolf, Walther Sauer, Franz Spillmann y Robert Hoffstetter, en varias localidades del país.
En nuestros catálogos contamos hasta el momento con:

1459 invertebrados fósiles de varios niveles geológicos principalmente del Holoceno y Pleistoceno de la Península de Santa Elena,

2197 fósiles de plantas entre los que predomina material colectado en los yacimientos Miocénicos de Azogues, Azuay y Loja, y
5105 fósiles de vertebrados principalmente del Pleistoceno Superior de los Valles Interandinos y la Península de Santa Elena.
Dentro de los cajones, cada una de las piezas se encuentra marcada con su número de catálogo y guardada en cajas de cartón, en uno de los lados internos de la caja está pegada la respectiva etiqueta.
La sección de Paleontología cuenta además con una colección de Anatomía Comparada, muy útil para los trabajos de comparación con las piezas fósiles y para cuya preparación de especímenes se utilizan Dermestidos (Escarabajos carroñeros)
Bibliografia
Actualmente la sección de Paleontología cuenta con más de 1.000 artículos científicos impresos y más de 8.000 en formato PDF, para consultas especializadas, de las cuales se cuenta con la respectiva Base de Datos.
Conservacion De Las Colecciones Paleontológicas
Ordenamiento en las colecciones
Las Colecciones Paleontológicas se encuentran organizadas taxonómicamente, dentro de esta, una segunda organización deacuerdo a las edades geológicas presentes y al final y dentro de la anterior una tercera organización anatómica.

En muebles de madera se encuentran los fósiles de vertebrados e invertebrados, mientras los fósiles de plantas se encuentran e gavetas metálicas.
Monitoreo de la Colección
El control de la colección, limpieza, ordenamiento, se realiza paulatinamente, varias veces al año. Se cuenta con registros para ser llenada con la fecha y el nombre de la personal que ha realizado el control.
Préstamos De Material
Para trabajos de tesis, se autoriza la revisión del material paleontológico específico, previa la presentación de una carta acompañada de la aprobación del plan de Tesis. Se señalan las fechas y el estudiante puede disponer de un lugar y el material para trabajar.
Personal
Un Curador, con cargo de Investigador, José Román

Pasantes y voluntarios por períodos cortos, provenientes de Universidades del país.